商业企业按照工业企业办理税务登记与认定增值税一般纳税人，抵扣进项税额不按照付款凭证依据而是按照原材料入库单。在建工程等非应税项目，包括购置固定资产申报抵扣进项税额，在建工程领用原材料或者用作本单位的福利等非应税事项，不作为进项税额转出。取得进项专用发票，开票方、收款方不一致，票货、票款异地申报抵扣。商业企业磨账不报税务机关进行批准，擅自抵扣税款。运输发票开具不全，票货不相符，或是取得假发票来进行抵扣。为达抵扣目的，没有运输业务，去运管办、货运中心、地税局等这些单位办理代开发票进行申报抵扣。最为典型的就是个别企业将拉运垃圾的发票当作运输货物发票申报抵扣。进项发票丢失，仍然抵扣进项税额。
进项税额指的是纳税人购进货物、服务、加工修理修配劳务、无形资产等或是不动产，支付或是负担的增值税额。
企业进项税额合理避税方式如下：
（1）商业企业按照工业企业办理税务登记与认定增值税一般纳税人，抵扣进项税额不按照付款凭证依据而是按照原材料入库单；
（2）购进货物时，工业无验收入库，或是利用发料单局代替入库单，在进行申报抵扣；商业没有完成付款自审抵扣，或是先虚开一张大额现金收据，先增加“现金”之后，以坐支现金的形式让对方开具现金收据凭证回来办理抵扣的，这些业务无大量的外调取证是很难查清楚；
（3）用背书的汇票作预付账款，运用现代技术涂改多次复印充当付款凭证用来抵扣；
（4）应税劳务无付款进行申报抵扣（委托加工、水、电、运费；）
（5）在建工程等非应税项目，包括购置固定资产申报抵扣进项税额，在建工程领用原材料或者用作本单位的福利等非应税事项，不作为进项税额转出；
（6）取得进项专用发票，开票方、收款方不一致，票货、票款异地申报抵扣；
（7）商业企业磨账不报税务机关进行批准，擅自抵扣税款；
（8）用预付款凭证（大额支票）进行多次复印，多次充作付款的凭证，进行申报抵扣；
（9）运输发票开具不全，票货不相符，或是取得假发票来进行抵扣；
（10）为达抵扣目的，没有运输业务，去运管办、货运中心、地税局等这些单位办理代开发票进行申报抵扣；
（11）铁路客运发票（行李票）作为运输发票申报抵扣；
（12）最为典型的就是个别企业将拉运垃圾的发票当作运输货物发票申报抵扣；
（13）进项发票丢失，仍然抵扣进项税额。
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